Se préparer aux prochaines crises

Institut des épidémies

Dans Omni Sciences
Dossier Didier Moreau

©️ Valentin Bianchi

La plupart des maladies infectieuses (ré-)émergentes sont des zoonoses, c’est-à-dire transmissibles des animaux aux humains. S’appuyant sur son expertise de longue date en immuno-infectiologie et sur un dialogue étroit entre médecine humaine et médecine vétérinaire, l’ULiège met en place un Institut des épidémies, doté de laboratoires hautement sécurisés afin de mener des projets de recherche, d’analyse et épidémiosurveillance. 

«Si la prochaine pandémie survenait aujourd’hui, le monde serait toujours confronté à certaines des mêmes faiblesses et vulnérabilités. » Ce constat en 2025 du Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), sonne comme un rappel qui hante les États, conscients de leurs fragilités et de leur impréparation, apparues au moment de la crise de la Covid-19.

Parallèlement, les universités ne restent pas les bras ballants. À l’ULiège, les chercheurs ont joué un rôle déterminant pendant la crise. Ils ont décidé de transformer leur expérience en projet et de contribuer à la “Preparedness”, feuille de route de l’Union européenne et des gouvernements pour se préparer plus efficacement aux prochaines épidémies.

C’est ainsi que se développe aujourd’hui, avec le soutien des autorités de l’ULiège, un Institut des épidémies (InDeEp), projet né dès 2021 dans la tête du Pr Fabrice Bureau (biochimie et biologie moléculaire), accompagné ensuite par le Pr Laurent Gillet (vaccinologie vétérinaire), tous deux en faculté de Médecine vétérinaire, et rejoints par une trentaine de professeurs et chercheurs des facultés de Médecine et de Médecine vétérinaire.

Ce projet en gestation prendra place d’ici à 2028 dans un bâtiment rénové qui jouxte l’Institut de botanique sur le campus du Sart Tilman. Il sera équipé de laboratoires de diagnostic et d’unités BSL-3 – des laboratoires hautement sécurisés pour manipuler des agents pathogènes. Après la Covid-19, InDeEp répond au besoin de passer d’une “culture de crise” à des capacités permanentes de recherches, d’analyses et d’épidémiosurveillance répondant aux standards de qualité internationaux. Il s’agit aussi de tirer bénéfice d’un écosystème unique en Wallonie caractérisé par la proximité géographique et scientifique de la médecine humaine et du CHU de Liège, de la vétérinaire et des sciences fondamentales.

De plus en plus rapprochées

Depuis les années 1980 et l’apparition du SIDA, les épidémies se succèdent à un rythme de plus en plus rapide. Le virus Ebola, identifié pour la première fois en 1976, a connu plusieurs flambées majeures en Afrique de l’Ouest entre 2014 et 2016, causant plus de 11 000 morts. Le SRAS, syndrome respiratoire aigu sévère, causé déjà par le coronavirus (SARS-CoV-1), est responsable de 800 morts entre 2002 et 2003. En 2009, la grippe H1N1 (“grippe porcine”) s’est transmise à l’homme et a infecté entre 700 millions et 1,4 milliard d’individus, causant la mort de 284 000 personnes. Ces dernières années, la grippe aviaire a touché tous les continents. Son potentiel pandémique est connu, et depuis 2024, le virus de la grippe Influenza A (H5N1) circule abondamment dans les élevages de vaches laitières et de volailles aux États-Unis, faisant redouter l’émergence d’un virus capable de se diffuser dans la population humaine. D’autres crises sanitaires ont mis les systèmes de soins sous tension, comme le MERS-CoV (Middle-East Respiratory Syndrome) apparu en 2012, ou le virus Zika émergeant entre 2015 et 2016, associé à des anomalies congénitales graves chez l’homme. Mais c’est la pandémie de la Covid-19, causée par un autre coronavirus, le SARS-CoV 2, qui a mis la planète à l’arrêt en 2020, entraînant plus de 7 millions de morts à travers le monde selon l’OMS.

La concentration de ces crises sur une vingtaine d’années à peine est favorisée par nos modes de vie contemporains. Les transports aériens propagent rapidement les agents épidémiques. L’urbanisation et la densité de population dans les villes y contribuent aussi, de même que la déforestation et le réchauffement climatique. « Ces derniers sont à l’origine du déplacement d’animaux sauvages vers des endroits moins chauds ou vers des environnements où la nourriture est accessible, ce qui augmente le risque de contact entre animaux et hommes alors que la plupart des épidémies sont des zoonoses, c’est-à-dire des maladies transmettant des agents pathogènes des animaux vers les hommes », note Fabrice Bureau.

Une approche one health

Environ 75 % des maladies infectieuses (ré-)émergentes sont des zoonoses, responsables selon les études de 1 à 2,5 milliards de cas d’infections et de 1 à près de 3 millions de décès par an. Ces zoonoses impliquent des virus, bactéries ou parasites transmis à l’homme par contact direct, par des aliments contaminés ou par des vecteurs comme les moustiques et les tiques.

Ce tableau menaçant plaide pour un dialogue étroit entre médecins et vétérinaires. « Ma collaboration avec les vétérinaires date justement de la pandémie de SARS-CoV 2, un bel exemple de zoonose », pointe le Dr Gilles Darcis, chargé de cours et médecin-spécialiste en maladies infectieuses au CHU de Liège, qui fait aujourd’hui partie des membres de l’InDeEp. « Les deux disciplines sont très complémentaires, ce que trop peu de médecins et de vétérinaires réalisent. »

Fabrice Bureau plaide aussi pour ce rapprochement disciplinaire, d’autant plus qu’avec la vaccination, la plupart des maladies épidémiques humaines ont été éradiquées alors que ce n’est pas du tout le cas dans les troupeaux, régulièrement exposés aux épidémies. Ces crises récurrentes, les vétérinaires doivent les résoudre avec des méthodes différentes de celles des médecins. « La plus grande différence : les vétérinaires considèrent la population tandis que les médecins humains considèrent les patients de manière individuelle. Les deux approches sont ainsi nécessaires et complémentaires. »

Cette approche collaborative s’inscrit dans la conception du One Health (une seule santé, humaine et animale), promue de longue date au sein de l’ULiège. Pour Gilles Darcis, InDeEp doit « matérialiser cette collaboration dans un espace commun ».

Complémentarité des fonctions

Le futur Institut des épidémies entend démontrer sa spécificité et sa pertinence dans le paysage wallon, belge et européen. « Il est conçu de telle manière qu’il puisse immédiatement s’adapter et se mettre en ordre de marche quand la “guerre” ou la crise succède au temps de “paix” », explique la Pre Tatiana Art, pro-doyenne de la faculté de Médecine vétérinaire, qui porte le projet avec ses collègues.

« La spécificité de l’Institut des épidémies est qu’il est localisé dans une université, ce n’est pas un institut de santé publique », souligne Fabrice Bureau. Pour lui, les deux organes ont des fonctions différentes. Les instituts de santé publique scrutent et récoltent les données, et ils produisent des statistiques. Un institut universitaire, lui, trouve sa place plus en amont. « InDeEp a pour vocation de faire de la recherche plus fondamentale, de caractériser les agents pathogènes et d’identifier les variants de ces agents, de déterminer leur dissémination et leurs mécanismes d’invasion. Aussi de développer des modèles animaux qui répliquent la maladie en laboratoire pour mieux la comprendre, de développer des méthodes diagnostiques ad hoc et de nouveaux traitements, et de mettre en œuvre la surveillance épidémiologique active. Et ceci autant pour les maladies humaines que vétérinaires. Aucun institut universitaire n’a aujourd’hui cette vocation. »

C’est sur ces points que les initiateurs du projet ont insisté auprès des ministres fédéral et wallon de la Santé, Frank Vandenbroucke et Yves Coppieters, lors de leur rencontre à l’ULiège en janvier dernier, en présence également de la ministre-présidente Élisabeth Degryse et des autorités académiques. La direction de l’Institut fédéral de santé publique Sciensano participait aussi à cette réunion importante : il s’agissait pour les porteurs de InDeEp d’insister sur la complémentarité, et non la concurrence, entre les deux instituts.

Les atouts de l’ULiège

La flexibilité et la réactivité figurent parmi les atouts du projet universitaire, comme cela a été démontré lors de la pandémie de la Covid-19 durant laquelle les équipes liégeoises ont rapidement mis au point une méthode innovante de testing PCR menant à de plus grandes capacités d’analyse. Des défis scientifiques et logistiques qui ont souligné en 2020 l’impréparation de nos États face à des crises pourtant prévisibles.

D’autres atouts distinguent encore le projet liégeois dans la préparation et la réponse aux menaces infectieuses émergentes. Des réseaux d’épidémiosurveillance et de recherche intégrée sont déjà en place, associant des chercheurs en santé publique, pharmacie, médecine vétérinaire, agronomie, sciences et sciences sociales, comme le programme de surveillance de la faune sauvage en Wallonie de la Pre Annick Linden ou le projet de veille épidémiologique en Wallonie Primary Care INDEEP [lire l’encadré] de Marina Digregorio, docteure en soins primaires et santé, et de Jean-Luc Belche, chargé de cours en médecine générale. « Mais on doit voir plus loin encore et s’insérer dans des projets de recherche internationaux sur les maladies infectieuses émergentes », précise le Pr Laurent Gillet. Avec ses collègues, il a profité de la venue à l’ULiège fin 2025 de Yasmine Belkaid, directrice de l’Institut Pasteur, pour envisager des collaborations avec cette institution réputée, engagée dans un projet de grande ampleur de même nature que l’Institut des épidémies. À terme, InDeEp ambitionne de s’inscrire dans le consortium européen BE READY PLUS, qui regroupe près d’une trentaine d’instituts de recherche en épidémiosurveillance, et, au niveau mondial, de faire partie du Global Outbreak Alert and Response Network (GOARN) de l’OMS.

L’ULiège peut également se prévaloir de compétences de recherches menées parfois depuis des décennies. C’est le cas en immuno-infectiologie où les travaux des chercheurs liégeois ont conduit à des avancées majeures dans la biologie des cellules myéloïdes, les interactions virus-hôte et les mécanismes d’immunorégulation. Une même expertise est reconnue dans le domaine de l’isolement et de la caractérisation en laboratoire de nouveaux agents infectieux, ce qui permet la détection rapide d’agents émergents chez l’humain, les animaux domestiques et la faune sauvage – un savoir-faire rare. « Nous avons les compétences scientifiques, mais il faut continuellement être au top avec des infrastructures de laboratoires crédibles pour jouer un vrai rôle. Avec le projet InDeEp, nous maintenons l’université de Liège comme un acteur crédible », souligne Laurent Gillet.

D’où viendra la prochaine épidémie ?

Si l’on ne peut prédire où et quand aura lieu l’épidémie suivante, les experts s’accordent sur le fait que la prochaine pandémie immobilisant la planète ne viendra probablement pas d’un nouveau pathogène “X” (l’OMS parle de la “X Disease”, comme ce fut le cas du virus du VIH), bien d’une maladie que l’on connaît déjà mais que l’on néglige, cependant. À force de circuler, un virus peut finir par acquérir des mutations qui le rendent plus transmissible et virulent, renforçant ainsi son potentiel épidémique, voire pandémique. Dans l’œil du viseur ? Les mutations du SARS-CoV-2, le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, Ebola, le virus de Marburg ou la fièvre de Lassa, ainsi que des zoonoses comme le virus de la fièvre de la vallée du Rift ou le virus Nipah.

« Les virus et agents pathogènes sont nombreux », avertit Gilles Darcis, qui cite aussi le virus mpox (la variole du singe), le virus de la rougeole qui refait surface en raison de l’insuffisance de la couverture vaccinale, des virus qui apparaissent dans nos régions à la faveur du changement climatique comme le virus du Nil occidental ou le virus du chikungunya transmis par le moustique tigre. Parallèlement, Gilles Darcis insiste sur une autre menace, l’antibiorésistance – une “pandémie silencieuse” qui constitue l’un des plus grands défis pour l’humanité selon l’OMS.

Primary Care INDEEP

L’Institut des épidémies développe un projet de veille épidémiologique en Wallonie intitulé Primary Care INDEEP (PC-INDEEP), en collaboration avec le département de médecine générale de l’ULiège. Il s’agit d’une infrastructure de recherche ancrée dans les soins primaires en Wallonie. L’objectif : constituer un réseau structuré de cabinets de médecine générale et de maisons de repos, formés et équipés pour collecter, de manière standardisée, des données cliniques et échantillons biologiques. Les soins primaires occupent une place stratégique dans la dynamique des épidémies : ils constituent le premier point de contact avec le système de santé, là où apparaissent les formes précoces, modérées ou atypiques des infections. Actuellement, les dispositifs de surveillance existants reposent principalement sur des données agrégées ou hospitalières. Il manque en Belgique une infrastructure capable de relier, en première ligne, l’observation clinique des médecins généralistes à des données biologiques exploitables, dans des délais compatibles avec la détection de signaux précoces.

« PC-INDEEP ne vise pas à remplacer les systèmes nationaux de surveillance, explique Marina Digregorio. Nous nous situons clairement dans le champ de la recherche académique. La spécificité d’une université est de pouvoir développer des protocoles exploratoires, de tester de nouvelles méthodes analytiques, d’intégrer des approches innovantes comme la métagénomique et de documenter finement les trajectoires cliniques. Cette capacité d’analyse approfondie et méthodologique vient ainsi compléter les dispositifs de santé publique existants. »

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